Khi phong trào phát triển, con số các hội đoàn gia tăng và hệ thống tổ chức ngày càng hoàn chỉnh thì sự bất đồng giữa Wesley và Giáo hội Anh cũng lớn dần. Dù bị áp lực từ những người theo ông, Wesley và đặc biệt là em ông, Charles, vẫn không muốn rời bỏ giáo hội. Ông nói "Chúng ta không nên cử hành lễ Báp têm và Tiệc Thánh mà không có sự uỷ nhiệm của một Giám mục được tấn phong theo quyền kế thừa tông đồ".

Tuy nhiên, vào năm sau khi nghiên cứu về hội thánh trong thời kỳ sơ khai ông chịu thuyết phục rằng quyền kế thừa tông đồ (apostolic succession) chỉ là một trong những phát kiến sau này, ông cũng nhận thấy rằng Chúa Giê-xu và các tông đồ không hề chỉ định bất kỳ thể chế nào cho việc tổ chức hội thánh.

Trong khi đó, Phong trào Giám Lý phát triển mạnh tại Hoa Kỳ và nhu cầu mục sư tại đó trở nên cấp thiết. Khi Giám mục Luân Đôn từ chối phong chức mục sư cho hội thánh tại Mỹ thì Wesley quyết định làm điều này. Ông phong chức cho các mục sư đang hoạt động tại Scotland, Anh và Mỹ. Ông cũng phong chức bằng cách đặt tay cho Thomas Coke và Francis Asbury, hai nhận vật đóng vai trò mấu chốt trong việc thành lập và phát triển Giáo hội Giám Lý tại Mỹ.